好吧，先正面回答一下问题：
我认为，仙剑系列游戏中，毫无疑问仙4是巅峰。
——————————————————————————————————————————
首先给历代仙剑排一下名（截止至答主回答，仙剑系列出到仙剑5前传）
仙剑4
仙剑1（包括98柔情、新仙剑）
仙剑3
仙剑3外传
仙剑5前传
仙剑2
仙剑5
只对前3名排名负责，后面仁者见仁智者见智。
首先说明，答主的这个答案重剧情轻游戏性，因为这是一次纵向对比，不能拿仙剑一的游戏性去和后面的作品比，游戏性肯定是在进步的。主要的游戏性对比是在同时间同类型作品中对比。
————————————（多图，流量党慎入）——————————————先说仙剑4。
优点：
1.剧情。浑然一体的剧情，几乎所有伏笔都有前后照应，几乎所有支线、所有主线里别人的剧情，都紧紧围绕主题，每一个剧情都暗示着整部剧的走向。还有一些别有深意的取名。稍微举几个栗子：
①伏笔照应：前：菱纱触碰望舒；后：菱纱成为宿体，引发云天河与玄霄之间最大的矛盾，成为主线最主要导火索。
②寻找三寒器时，莲宝的剧情暗示成仙也十分寂寞，“瑶宫寒苦，不如人间”。
梭罗果的剧情暗示成仙所要造成的牺牲可能是以性命为代价。
鲲鳞暗示求仙可能引起人妖之争，损失惨重。
③八公山剧情暗示自古修仙多无好下场；女萝岩剧情暗示人妖之争可能是人不对，照应后面琼华攻打幻暝界。
④支线中，除了魔剑支线和蜀中巨富景阳支线是为了显示仙四跟其他作品有点联系而做的外，其他支线都暗含主旨。
⑤石沉溪洞，洞悉尘世。2.人物设定。
①主角4人中，随便抽两个人出来都可以找出他们的矛盾点和通过剧情发展所增进的感情：
云纱：官方第一CP，影响剧情走向。每每看至这里，总不忍唏嘘。
云璃：从一开始有好感，到一同旅行，到高潮柳梦璃发现自己是妖后不得不离开，到最后回到青鸾峰，好感——朋友——表白——离开——看淡，层次明显，极有禅意。
云紫：两人性格中诸多不合，但也是通过一同经历种种艰辛挫折，最终相互理解，惺惺相惜，于是才有“承君此诺，必守一生。”于是才有两人为了同一个所爱之人（菱纱），宁可付出生命也要护她周全。可以说有个兄弟相伴相随，还都爱着同一个女人，最后还能没有芥蒂，相互照应百年。得朋友如此，此生无憾。
紫纱：九龙缚丝剑穗。“若是用我一命，能换菱纱一命，我定会毫不犹豫。”就连紫英的题诗里都写的是“生死为谁一掷轻”。
紫璃：从开始的人妖不两立，到紫英为了柳梦璃对自己的同门执剑相向。
纱璃：“有时候，我宁可自己是她，至少，我是真正陪在云公子身边……”女性之间的感情我不能十分理解，也说不透。
②至今难忘3人组初见时的对话
云天青：哇！你长这么漂亮也来修仙，岂不可惜了？
玄霄：天青，休得胡言乱语。
夙玉：……容貌美丑，皆是皮下白骨，表象声色，又有什么分别？
云天青：唉，你年纪轻轻，便看这么透，岂不是一点也不好玩了……
感觉真是几句话道清了3个人的主要性格。
③整部剧中，每个人物都是有血有肉，每个人物都有喜欢他的理由，却难找到讨厌的原因。大反派玄霄，命运多舛，自己本身所处的位置也是历尽了各种苦难。
即便是最小人的夙瑶，也有其可怜可悲之处
3.词句。
所有人说话，都是有性格特色的，口头禅、用语习惯都很明显；
诗句都是经过雕琢的。
含深意的经典对话比例应该是历代仙剑最高的
最开始的时候就有一首
《世上岂有神仙哉》
涛山阻隔秦帝船，
汉王彻夜捧金盘。
玉肌枉然生白骨，
不如剑啸易水寒。
这首诗几乎把整个游戏的主题都浓缩其中了，前两句写的是秦帝、汉王，也是求仙的芸芸众生，也是琼华派众人。第三句写的玉肌白骨，特指夙玉和菱纱两代宿主。第四句则多是云天河、云天青的胸襟了。
主题诗《谪仙》
瑶宫寂寞锁千秋，
九天御风只影游。
不如笑归红尘去，
共我飞花携满袖。《紫英 明光》里的“翩翩白衣云端客，生死为谁一掷轻。”
《梦璃 离歌》
谁言别后终无悔寒月清宵绮梦回
深知身在情长在
前尘不共彩云飞不多说。《玄霄 永劫》
峰壑辗转日月追
谁闭尘关不得归
长欲挥剑断逝水
却尽青春铸劫灰
峰壑辗转，指百折千挠；追日逐月，暗指求仙问道；永闭尘关，难有与心爱女子相守之机；长欲挥剑断逝水，真想挥剑断却过去的事（应指夙玉出逃）；却用尽自己的年华来铸就一场劫难（琼华升仙）。确是玄霄一生写照。（以上，答主斗胆将自己的理解帖出来。如有异议，欢迎探讨~）
4.音乐。
《织梦行云》、《回梦游仙》两首实在经典不过的曲子
答主这方面不专业，不多说。但是公认很不错，水平上不知道有没有超越仙三，至少超越了大部分仙剑。5.战斗系统。
①个人认为是历代中最成熟的评分系统；最多可探究性的战斗（稍微查一查，应该可以发现针对仙剑4的拉怪、刷级等攻略是最多的）；也是唯一一部仙剑，有人为了增加可玩性而做出加强版mod；
②独创“菜刀流”系统，再华丽的技能画面最终效果也就一堆数字，那为什么不化繁为简？
③最有必要研究的加攻减防系统，辅助技能无疑是历代中作用最明显的，于是有了“千方BUG剑，一刀秒BOSS”
好了，优点说了一大堆（虽然没说完），也要说说缺点。
缺点：
1.剧情有遗憾。据说不周山的迷宫很明显还有一段，据说鬼城酆都有一些地方能看到但是去不了，据说还有第三女主角，样子应该是柳梦璃的样子，而真正的柳梦璃应该是别的样子（不然幻暝界怎么只有柳梦璃一个是黑发？），据说“瑶宫寂寞锁千秋”这首诗说的就是第三女主角，据说最终boss是九天玄女，他们打完玄霄之后还要去救玄霄……
详见百度贴吧：关于仙剑四第三女主角
2.结局比较开放，但是也比较模糊。算不上缺点，只是很多人不喜欢。（我个人很喜欢。）
3.游戏的开放性不够，很多辅助功能比较鸡肋无聊，除了战斗系统之外，系统上其他基本跟仙剑1差不多
4.有些迷宫很烦，迷宫上较前代基本没有进步。有很多人说BOSS好打，却很容易被小怪偷袭死。
缺点还有很多，基本是游戏性上的缺点。如果没有这些缺点，我估计把仙四玩通十几遍了。（玩了两三遍，实在太无聊，没什么可以扩展的东西了）————————————————————————————————————
接下来说仙剑1
优点：
1.@孟德尔 所说确实很有道理，也是最有利的证据。在这一点上，就为仙一加了很多分。就光他所说的这些点，足以掩盖其他缺点。
2.剧情比较流畅，后期的好剧情比较多，尤其回到过去的那一段，在回过去所做的事情都很有必要也很创新。
3.人物风格就算是今天看来（不考虑画质），也是可以接受的。该是美人的还是美人，该是帅哥的还是帅哥。
4.制作过程堪称传奇，前期基本是姚壮宪一个人做的，后期才加入了团队。而这样的制作过程居然可以获得如此高的赞誉，不得不说那时他们无论剧情构思还是游戏制作水平都相当高。
5.被“翻拍”了两次依然风采依旧，足见魅力。
6.成功的人物形象塑造。
李逍遥的市井形象深入人心，从开始时的混迹江湖到后来承担巨大责任、成为一代大侠，过程循序渐进，十分平滑。
赵灵儿也是从一开始的柔弱懵懂的少女变成后来兼济天下的圣女，最后付出生命拯救苗疆人，看到那里时就深深喜欢上她。
林月如从一个富家大小姐，到她的敢爱敢恨敢于牺牲。很顽皮，很可爱，明明一起经历了那么多，却在剧情的最大转折处死去。
缺点：
1.剧情有硬伤。最明显的是赵灵儿嫁给李逍遥的原因，只要姥姥是个正常人也不会把闺女（还是公主）嫁给一个偷看洗澡的小混混；由于争议较多，这个剧情我特地回去翻看视频。不管从什么角度说，过程依然太生硬。
主角太强，看剑酒剑仙舞剑一遍就精通了！那不是看谁舞剑都能学会？学武几天就随便打败了学武十几年的林月如；
2.制作公司太懒，不思进取，翻来覆去炒冷饭，98柔情、新仙剑就是例子。
其他想到再说。————————————————————————————————————
2014-8-14更新
更正一个错误，锁妖塔的剧情，是剑圣将三人送到圣姑处，所以剑圣应该是发现自己抓错人了，也无心去追究三人的责任了。年代久远，初写的时候仅凭记忆，记忆有误，抱歉！
——————————————————————————
如果也喜欢古剑、古剑1的朋友可以看看这个回答：
关于仙剑4（和古剑1对比）的分析