（多图预警~）
谢
邀请，我来勉强回答一下这个问题（我自己也不能保证100%看懂，仅仅是个人观点）：
此处，回答以《漆黑的魅影 5.0》主线剧情为准，一二三周目处于三个世界之中，在游戏之初选择的界面就是勾连三个世界的核心：
世界缝隙是整个游戏的核心之一，三个周目就是在这里联系在一起。剧情也是围绕这里展开：
一周目==========
一周目剧情相对而言简单一些，但是也是后面剧情的伏笔和铺垫之一：
一周目实际一直在主角的意识和回忆之中，主角其实一直都在床上，而一直进行的都是对于主角心灵和灵魂的唤醒工作。通过装置和程序对于沉睡的训练师的记忆进行逐步引导，而玩家操作的主角正是在自己的回忆之中，这是倒叙。
但是这种逐步引导回忆使主角苏醒也不是一帆风顺的，遇到的最大麻烦就是火箭队。注意这里的火箭队，并不是真实存在在回忆中的，即主角昏迷前现实中并没有出现在真实的世界中。这是一段扰乱主角苏醒的代码。（后面二周目会涉及）
TV版中三人组在漆黑的魅影中粉墨登场。
实际上是植入的代码。
这段说明就是铺垫这些火箭队其实并非存在在主角的记忆中，而是植入的代码，用于迟滞主角的记忆恢复。（这其实是反派的阴谋）
当在天柱上面击败了火箭队首领坂木之后，坂木说明了真相，之后记忆引导工作也走上正轨。
回忆到在冠军位置上面接受挑战时候基本结束，这已经是在二周目的前期了，自此之后才是主角意识恢复主动活动的时期。
二周目=======
二周目是比较乱也是比较难以理解，我不敢说全都看明白了，就说一说自己的理解好了：
二周目的剧情完全发生在梦世界，核心装备是三日月之羽和月食之羽。主线核心是：两个反派团体的阴谋，主角和训练师希望阻止他们控制酋雷姆，而反派团体则利用干部和黑科技处处迟滞主角们的行动，包括之前植入昏迷主角记忆的人格程序代码也是这些反派们的计划之一。
而二周目前期一直是挑战小遥（获得三日月之羽），然后解救被控制的小光（获得月食之羽）然后进入梦世界。
但是，在二周目进入梦世界之后就被抢走了，之后偶尔遭遇反派对战，但是主线依旧是道馆战。
之后，进入漫长的会馆战斗阶段，但是时而穿插反派的战斗和一些隐含的线索，实际上主线最终是落脚在酋雷姆剧情上面。
这一段关键的剧情，我也有些糊涂，前后有点乱：
一路和训练师“过关斩将”之后，BOSS控制了酋雷姆，从剧情上看，主角们尽管打赢了对战不过还是迟了一步，反派应该是最终完成了他们的目的，主角们算是失败了。
然后，就切入到了另一个场景，一个“小遥”告诉你这是一个幻觉。
然后，另一个“小遥”跑出来，告诉主角那一切其实都是真实发生的。
而剧情本身应该是“真实发生”的，因为下一个场景则是遇到了美梦神。
之后，美梦神出现貌似成为整个事件的转机。似乎是美梦神利用在这个世界中的力量挽救了一行人。
一行人得以坚持下去，再一次面对反派。
之后再次挑战，这个时候则是酋雷姆“力量回复的间隙”，而这时候反派的力量大大削弱了。
于是BOSS之后变成了一个登山男子，实力超弱，轻松秒杀。（可能是由于失去了酋雷姆的力量）
二周目的结局貌似就是“险胜”了反派，然而本身剧情应该是进入梦世界之后一直与反派干部缠斗，最终迟了一步，最终在美梦神的帮助下，利用酋雷姆力量恢复、反派力量薄弱的有利时机击败了反派。（当然，这是我的个人理解）
三周目=============
三周目就没有任何所谓的“主线”剧情了。主要是挑战第一世代到第五时代各种道馆馆主和冠军，联盟挑战冠军，对战地区已经收服剩余没有集齐的精灵。
三周目的剧情，相对而言就要单调很多，主要就是挑战各种人物以及收集此前未能集齐的各路神兽：
（比如基拉祈）
剧情上面我也有些茫然，不是很确定，欢迎大神一起讨论、指正~
最后，向没有玩过这款改版游戏的同学们安利一下这个游戏，版本很多，最新应该是5.0版本，不仅仅有原创主线，也有各种神兽剧情。关于这个游戏可以参看我的这个回答：
口袋妖怪改版《漆黑的魅影》为什么能成功？ - 疯癫的A兵者的回答
如有不妥之处，求轻喷，欢迎爱好者们一起讨论~