上一期讲到乔艾两人再次上路出发寻找火萤实验室，这一期我们继续往下讲。
5.汤米发电厂据点-->大学实验室
时间继续推进，故事进入了下一个阶段。艾莉与乔尔终于找到了火萤驻扎在大学之中的实验室，但遗憾的是，这里一个人都没有。两人四处搜寻线索，最后得知火萤的研究团队现在已经撤离到了盐湖城的圣玛丽医院。
无奈之下，两人只能继续向盐湖城出发，准备离开大学的时候，再一次被猎人伏击。乔尔在打斗中被敌人从二楼扔了下去，并被地上的钢筋刺穿了腹部。乔尔失去了行动能力，这让一直被乔尔保护着的艾莉变得手足无措。在艾莉的拼命掩护下，乔尔终于强撑着逃离了敌人的围剿。
这个阶段的乔艾感情已经进入了升华阶段，乔尔逐渐开始不再避讳与艾莉谈起自己的过去，包括萨拉。艾莉给予她的爱和需求感，渐渐填充了他失去女儿后内心的空缺，也让他开始接受女儿早已死亡，离开自己的事实。
6.大学实验室-->盐湖城
前往盐城湖的路变得格外艰辛，身受重伤的乔尔无法起身，艾莉一面要带着乔尔赶路，躲避猎人们的围剿，一面还要到处搜刮补给品和药品，给乔尔养伤。就这样，他们四处躲躲藏藏，转眼就到了冬天。
正传中没有描写到这段时间艾莉变化的过程，而是直接展现了艾莉在饱受磨难，被迫成长后独当一面的样子。为了不让大卫团伙发现乔尔的藏身之处，她独自骑马离开，与他们周旋，引开注意，但最终还是不敌对手人数众多，被大卫捉拿并关了起来。
（艾莉的成长故事被单独拎出来做成了DLC，讲述的是艾莉在乔尔刚刚受伤的时候，带着他来到了自己曾经与莱利去过的百货大厦躲避追击，并且寻找补给的情节。这段故事采用了双线插叙，一面讲述艾莉与莱利曾经的故事，一面展示艾莉为了乔尔独自战斗的场景。相同的地点，不同的人，曾经是两个女孩的欢笑，现在是独自奋斗的身影。这种物是人非的感觉以及来回切换时的明显对比，使玩家更深入的将自己代入艾莉，真正和艾莉合二为一，看艾莉所看，想艾莉所想，感受艾莉所感受。）
没想到对方的首领大卫居然是个恋童癖，他在对艾莉软膜硬泡无效之后，开始以武力相逼。艾莉宁死不屈，好不容易才逃脱了大卫的手掌心，但她的心灵还是因为大卫恶心的行为而受到了深深的伤害，所以她在杀死大卫后，不停地用弹簧刀砍着大卫的尸体，直到乔尔出现，把她抱住，她才扔下手中的刀，在乔尔的怀里嚎啕大哭。
对于玩家来说，持续操作乔尔过了半程，突然开始控制艾莉的时候，会明显地感受到，比起乔尔，艾莉很弱小。没有枪，没有力气，甚至被大卫捉到砍两刀就难逃一死，与凡尔赛乔三光形成了鲜明的对比，同时让玩家更直接的感受到，在这之前，乔尔将艾莉保护得多么好，即使是这样的艾莉，乔尔还是能带着她穿越大半个美国，并且完全没有受伤。
此前玩家一直是从乔尔的视角去感受乔艾两人之间的情感进程，如果说乔尔对艾莉的情感是平淡而婉转的，那艾莉对乔尔的情感一定是直率且热烈的。玩家在控制乔尔的时候可以感受到乔尔的行为、目的与情感在不断地变化，甚至游戏过半，玩家也只能感受到到乔尔对艾莉的爱仍然是暧昧的，模糊的。但在控制艾莉的整个过程中，玩家会明显地感觉到，艾莉的行为目标很非常明确，而且只有一个，那就是守护受伤的乔尔。
7.盐湖城-->圣玛丽医院
乔尔的身体逐渐康复，两人便开始继续赶路，转眼间时间就又到了春天。这时乔尔两人已经变得亲密无间，无话不谈。乔尔开始和艾莉聊起未来的事，他还与艾莉约定，等一切都过去之后，会教她弹吉他、教她游泳。
在离圣玛丽医院不远的地方，乔尔与艾莉在楼宇废墟后的公园里遇见了一群幸存的长颈鹿。它们成群结队，享受着温暖的阳光，悠闲地吃草游行。生在末世的艾莉第一次见到这么动人又美丽的画面，她一直催着乔尔快点和她一起欣赏这难得的景色。
长颈鹿群渐渐远去，该到了上路的时间了。乔尔看向阳光之下艾莉的背影，提议放弃寻找火萤，回到汤米的据点，回归普通的生活。但艾莉不愿放弃，他们用了一年的时间才来的这里，而现在距离火萤只有一步之遥，不能让这一切的努力白费。
但其实，艾莉在说这番话的时候，心里可能也猜到如果找到火萤，自己即将面临的是什么。这一点从她在到达盐城湖的状态就可以看出来，看到圣玛丽医院的标志后，艾莉整个人都变得很没有精神，反应迟钝，郁郁寡欢。也许她不惧怕死亡，但她一定十分牵挂老乔尔。当离别渐渐靠近，甚至就在近在眼前时，她越来越没办法开心起来。但她还是回应老乔尔：“等一切结束之后，我们就去任何你想去的地方。”
医院脚下，艾莉将自己从汤米那里偷出来的，乔尔和萨拉的合照交给乔尔。她对自己的行为表示了抱歉，但是她认为乔尔还是心里一定很需要这张照片。乔尔看到照片，百感交集，他对艾莉说，也许人很难忘记过去，但总会有一天还是会忘记。乔尔知道，萨拉的离开已经成为过去，但艾莉还活着。艾莉，这个突然出现在自己生命中的小女孩，已然成为了自己重启人生的新动力。
8.圣玛丽医院-->汤米据点
乔尔和艾莉在穿过下水道时遇到了危险，乔尔掉进了水中残留的公交车的遗骸中，艾莉义无反顾的跳下来就乔尔，没想到却被湍急的水流冲走，溺水昏倒。乔尔拼了命将艾莉救出来，为她做急救措施，火萤的人发现他们后，拿着枪对着他的脑袋，让他举手抱头，他也没有停下来。
再后来，乔尔就昏过去了，等他醒来时，艾莉已经被送到手术台上了。他像疯了一样，杀了半栋楼的火萤，冲到手术室救出下了艾莉。为了没有后顾之忧，他还一枪打死了投降求饶的火萤首领马琳。乔尔骗艾莉说，火萤已经放弃研制疫苗，并准备带着她回到汤米的小镇。
即将到达汤米据点的前夕，玩家控制艾莉，跟随乔尔穿过了一片幽静美丽的森林。这段路不算长，但艾莉和乔尔走的很慢，也走了很久。乔尔对艾莉说，他曾经带着萨拉一起在这样的地方远足，他觉得萨拉如果活着，一定会和艾莉成为好朋友的。
这段路设计为艾莉视角也是别有用心，艾莉醒过来的时候身上还穿着手术服，她在昏迷之中经历了一切，而她自己其实连火萤的人影都没见到，所以她其实一直对乔尔说的话半信半疑。穿过这片森林就是汤米的据点，对于艾莉来说，这就意味着她必须要放下对疫苗的执念，再也不去想拯救世界的事情，真正地去迎接新的生活。玩家从艾莉的视角去看这个世界，更能体会到此时艾莉内心五味杂陈的复杂心情。
很明显艾莉是不甘心的，作为生还者，她对逝者其实是有愧疚感的，就像她最后和乔尔说的那段话，莱利是第一个牺牲者，然后是泰丝，然后是山姆。乔尔看透了艾莉的心思，但告诉艾莉这些都不怪她。为了让艾莉从内心卸下身上的重担，面对艾莉的质疑，他还是选择撒谎瞒下一切，即使他知道，只要艾莉活着，终将得知这是个谎言。
此时此刻，乔尔只希望艾莉能作为一个普通的女孩子，在自己身边快乐地长大，不要再背负着拯救世界的责任，也不需要因为任何人背负罪恶，真正自由地活下去。