琼华派，是天地间最大的修仙门派，坐落于昆仑山巅。派中门人皆为天资极佳、寻仙问道之人，他们练功修术，降妖除魔，只为了成为世人口中的“剑仙”。而该派似乎有着不同寻常的过去，至于当年发生的一切，早已成了门中弟子闭口不谈的禁忌。《仙剑四》的故事也从此开始。
十九年前，琼华派铸成“羲和”与“望舒”双剑，玄霄、夙玉持双剑网缚幻暝界，吸取灵力，意图举派白日飞升。幻暝界之主不愿坐以待毙，率领族人拼死抵抗，双方战况惨烈。门中弟子云天青对琼华派所作所为大失所望，即顺手救下一只幼妖离开琼华，“望舒”剑主夙玉不愿看到派中门人死伤殆尽，亦携“望舒”离开琼华，二人不知所踪。
“羲和”剑主玄霄因“望舒”离去，独木难支，终体内炎气失控，心智接近癫狂故出手伤害门中弟子，被琼华掌门夙瑶与宗炼长老冰峰在禁地之内。
十九年后……
在一座名叫青鸾峰的山上，猎猪少年云天河与盗墓女贼在石沉溪洞相遇。一个想要成为剑仙，寻求长生之术；一个想要弄清楚父母的过去，便一同开始游历世间。
在巢湖遇到了琼华派弟子慕容紫英，被他高超的仙术所吸引，便有了拜师寻仙之心。后来在寿阳城遇到当年被云天青救下的幼妖柳梦璃，至此，四人小队算是凑齐了。
第一站解决女萝岩槐妖伤人问题，获得了土灵珠，并且认识了超萌的槐妖五兄弟；后来抄近路去陈州，解决了淮南王陵的问题；到了陈州之后了解了琴姬的虐心故事，听到了现在依旧耳熟能详的《仙剑问情》；之后到达昆仑播仙镇。
艰险上山，通过“酒色财气”的试炼正式成为琼华弟子，学会了御剑术跑去月牙村，发现了村子的缺水问题，向夙瑶借水灵珠解决问题被拒绝，云天青因此事闷闷不乐睡不着溜去禁地，认识了被冰封的玄霄（万恶之源）。为帮玄霄破冰答应寻找三寒器。之后在即墨夏元辰手中得到了光纪寒图，了解了山神夏元辰和他六世恋人的曲折过往，并且看了即墨花灯，四人义结金兰；在神农洞得到了梭罗果，妹妹为成仙身死道消，姐姐一并灰飞烟灭；第一次对寻仙产生了怀疑。再后来，在巢湖底又遇到了槐妖五兄弟，得到了鲲鳞，但慕容紫英因为对待妖的观念不同离开队伍。
玄霄集齐了三寒器破冰而出，十九年前妖仙之战被揭开，柳梦璃记忆苏醒返回幻暝界。
云天河担心柳梦璃，想去鬼界找翳影枝进入妖界。在不周山遇到了衔烛之龙，获得了长生，并且遇到魔剑（龙葵）。前往鬼界，遇到了了云天青未投胎的魂魄，更是了解了当年之战的始末，随后进入幻暝界与柳梦璃相见。
回到琼华派后，玄霄企图再次飞升，重演当年情景，妖界之主婵幽早已虚弱不堪，便传位给柳梦璃，柳梦璃从此百年不得见。玄霄更加气盛，吸取了足够多的灵力，和夙瑶进行白日飞升。云天河三人组尽力阻拦，最后琼华派飞升至昆仑山天光处，九天玄女出现，告诫玄霄：心术不正不可成仙。玄霄当场暴走，被九天玄女吊打秒杀，并判处东海监禁1000年，夙瑶因第一时间认错求饶，监禁500年。所有琼华弟子皆囚禁于东海海底。琼华派因失去飞升之力，整座山峰开始下坠，这将会对山下居民造成毁灭性打击，紧急关头，云天河拿出后羿弓以凡人之力强行催动，射爆了下坠的琼华，琼华派在天地间从此除名，自己因神弓反噬双目失明。
（百年之后……）
须发皆白的慕容紫英站在青鸾峰上，柳梦璃归来，院中有一坟堆，墓碑上写着“爱妻韩菱纱之墓”，百年来，云天河的容貌不曾改变，从屋中缓缓摸索而出……